История храма берет свое начало с 1997 года, когда жители села Подкумок, не имевшие храма, являясь прихожанами храмов городов Кисловодска и Ессентуков, обратились с прошением к благочинному Кавказских Минеральных Вод протоиерею Иоанну Знаменскому, и к Высокопреосвященнейшему Гедеону об основании в поселке православного храма в честь Животворящей Троицы.

Одновременно ходатайствовали перед администрацией Подкумского сельсовета о выделении здания и земельного участка под храм. 28 мая 1997 года сельская администрация передала епархии здание – построенное в 1959 году подсобное хозяйственное строение Северо–Кавказского военного округа. Трудами прихожан и их помощников здание было отремонтировано и приобрело подобие православного храма.