Ипатьевский монастырь возник на стрелке рек Волги и Костромы (ныне река Кострома отдалена от монастырских стен Нижегородским водохранилищем). Он служил как бы ключом к городу. По легенде, основан татарским мурзой Четом. По дороге в Москву из Золотой Орды в 1330 г. Чет заболел и на месте будущего монастыря увидел во сне Богоматерь с апостолом Филиппом и святым мучеником Ипатием Гангрским. Видение обещало исцеление. Чет выздоровел, добрался до Москвы, принял крещение (он является родоначальником Годуновых) и основал монастырь.
Есть мнение, что монастырь основал в 1275 г. князь Василий Квашня. После его смерти новый монастырь попал под покровительство Годуновых, и его возвышение следует за возвышением этого рода. Затем монастырь нашел себе покровителя в лице царской династии Романовых. Мать первого царя Михаила владела богатой Костромской вотчиной и в начале 1613 г. жила с сыном в Ипатьевском монастыре, куда явилось посольство Земского Собора, чтобы в марте 1613 г. объявить об избрании Михаила на царский престол. Именно к Ипатьевскому монастырю пытались прорваться поляки, стремясь захватить молодого Романова. Иван Сусанин спас новую династию, заманив поляков в чащу. На XVI в. приходится расцвет монастыря: в 1652 г. воздвигаются Троицкий собор, каменная трапезная, мощные оборонительные стены.
В общем плане монастырь выглядит как неправильный пятиугольник с протяженностью стен 558 м. Высота стен до 11 м. Территория монастыря состоит из 2 участков: Старого и Нового города. Старый город создан в 1586-1590 гг. на средства Годуновых, а Новый город (1642- 1645 гг.) пристроен по велению царя Михаила Романова.
Возрожден монастырь в 1992 г.
В Ипатьевском монастыре в древности было 5 храмов: 1. Соборный летний храм во имя Живоначальной Троицы (1650-1652 гг). 2. Соборный зимний храм в честь Рождества Пресвятой Богородицы (1760-1764 гг), разрушенный в 1930 году. 3. Надвратная церковь во имя святых мучеников Хрисанфа и Дарии (1852 г). 4. Церковь во имя святого праведного Лазаря Четверодневного, которая находилась в подклете Троицкого собора и служила усыпальницей для костромских архиереев. 5. Церковь во имя святителя Иоанна Златоуста (1672-1673 гг) при больничных кельях на Новом дворе монастыря (в 1808 году за ветхостью была разобрана).
Со времени учреждения Костромской епархии в 1744 году в монастыре располагался архиерейский дом - резиденция архиепископа Костромского и Галичского.
В 1918 году Ипатьевский монастырь был упразднен; до 1958 года постройки обители использовались под коммунальные квартиры для рабочих текстильных фабрик. Впоследствии в стенах монастыря по решению Совета Министров были размещены фондохранилища и экспозиции Костромского государственного историко-архитектурного музея-заповедника.
В январе 1991 года епископ Костромской и Галичский Александр совершил первую Божественную литургию в Троицком соборе монастыря. В 1993 году решением Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II и Священного Синода Русской Православной Церкви Ипатьевский монастырь возобновил свое существование. Ныне трудами наместника обители иеромонаха Ферапонта (Кашина) и братии монастыря под архипастырским попечением священноархимандрита обители - архиепископа Костромского и Галичского Александра Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь града Костромы вновь обретает свою прежнюю значимость как один из центров русского Православия, памятник истории российской государственности. Монастырю возвращены храм святого праведного Лазаря, кельи над погребами, звонница. В настоящее время в братии обители состоят 8 насельников.
До наших дней в монастыре сохранилось три храма: 1. Свято-Троицкий собор (1650-1652 гг). В настоящее время совместно используется монастырем и музеем-заповедником. 2. Надвратная церковь в честь святых мучеников Хрисанфа и Дарии, в которой сейчас размещена экспозиция отдела новейшей истории музея-заповедника. 3. Церковь во имя святого праведного Лазаря Четверодневного (с 1993 года - в ведении монастыря).
С 1992 года ежегодно в день убиения Царской семьи Романовых (18 июля) в Ипатьевском монастыре совершается заупокойная лития.
Свято-Троицкий Ипатьевский монастырь - единственное место в России, где на протяжении более четырех столетий, начиная с конца XIII века, формировался некрополь одного из самых знаменитых боярских родов - Годуновых. Мурза Чет (в православии Захария) считается родоначальником известных в русской истории боярских фамилий: Сабуровых, Шеиных, Годуновых. Потомки основателя Ипатьевского монастыря были глубоко религиозны и отличались многими христианскими добродетелями. Годуновы любили Ипатьевскую обитель и постоянно заботились о ее благоустроении, часто ее посещали, нередко доживали в ней свой век, приняв монашеское пострижение, стремились быть погребенными в обители, веруя в святость этого места. Для погребения Годуновых в Ипатьевском монастыре были устроены три особые обширные усыпальницы: две - рядом с алтарем теплой церкви Рождества Пресвятой Богородицы, третья - под папертью Троицкого собора. До настоящего времени сохранилась только последняя из них.
Первыми из Годуновых в Ипатьевском монастыре были погребены основатель рода, костромской вотчинник Захария, его сын Александр (+1304), внук Дмитрий Зерно, правнук Иван Годун. Их захоронения положили начало формированию первой усыпальницы (в алтарной части церкви Рождества Пресвятой Богородицы); здесь были погребены и родители Царя Бориса Годунова и Царицы Ирины - Феодор Иванович Годунов и Стефания, в иноческом постриге Снандулия, брат Бориса и Ирины - Василий Феодорович Годунов и их дядя, Дмитрий Иванович. Во второй усыпальнице почивал род Стефана, Григория и Ивана Васильевичей Годуновых, современников Царя Иоанна Грозного. Третья усыпальница являлась местом погребения для рода Никиты и Петра Васильевичей Годуновых, которые присутствовали на седьмой свадьбе Иоанна Грозного в числе молодых Годуновых, несших государев каравай. В трех усыпальницах монастыря было погребено 56 представителей рода Годуновых. Кроме того, трое Годуновых погребены вне усыпальниц на монастырском погосте. Последнее захоронение Годуновых в обители - Петр Иванович, воевода из города Свияжска (+1671).
В XVII веке усыпальницы представляли собой подвальные храмы со множеством икон; на надгробные плиты полагались покрова, шитые золотом и серебром, украшенные драгоценными камнями, теплились лампады, каждую пятницу здесь совершались заупокойные литии.
В 1756 году две усыпальницы, находившиеся в алтарной части церкви Рождества Пресвятой Богородицы, были упразднены в связи с расширением храма.
В начале ХХ века усыпальница в подклете Троицкого собора продолжает именоваться "Годуновской", несмотря на то, что только три надгробные плиты принадлежат представителям этого рода. Вскрытие надгробных плит в третьей усыпальнице в ХХ веке не производилось.