Монастырь был основан в 1616 г на возвышенности правого берега р. Туры. под именем Преображенского, пришедшим из Казани иноком Нифонтом. Он особенно понравился Тобольскому митрополиту Филофею (Лещинскому), который уйдя на покой в 1711 г. принял здесь схиму под именем Феодора. В это время в монастыре был построен храм Святой Троицы, и с того времени монастырь стал называться Троицким. Схимонах Феодор (Лещинский) скончался здесь 31 мая 1727 г. и погребен у западных дверей Троицкого собора.
В 1929 г. монастырь был закрыт, здания использовались под общежития, храмы разграблены и разрушены.
Возрождение монастыря началось в 1995 г. До 2003 года богослужения проходили в Крестовоздвиженском храме монастыря и в одном из приделов Троицкого собора. В двухэтажном здании разместились Духовное училище с домовым храмом во имя прп. Сергия Радонежского и православная гимназия.
Первое богослужение в отреставрированном Свято-Троицком соборе состоялось на престольный праздник в 2003 году. В настоящее время Свято-Троицкий собор продолжает восстанавливаться, а вместе с ним - монастырская церковь Петра и Павла и наместнический корпус. Но половину территории до настоящего времени занимают службы Горводоканала. При обители в 1997 году возрождено Духовное училище, которое в 2009 году сделало свой 11 выпуск. В 2006 году напротив монастыря выстроен новый учебный корпус училища.
В 2006 году состоялось знаменательное событие - обретение святых мощей Апостола Сибири, митрополита Тобольского и Сибирского Филофея (Лещинского), просветившего в 18 веке светом Христовой веры более 40 тысяч коренных жителей Сибирского края. В настоящее время мощи святителя Филофея - главная святыня Свято-Троицкой обители.
Пасха ру.